De Joint Strike Fighter kan verschillende soorten bommen en raketten meevoeren, zowel intern als extern. Externe bewapening tast de Stealth-functie aan, dat wil zeggen het vermogen om onzichtbaar te zijn voor radar. Daarom kunnen sommige bommen en raketten ook binnenboord gehaald worden, er kan dan wel veel minder bewapening mee.

Bij aanschaf van nieuwe wapens voor de F-16 houdt defensie er nu al rekening mee, dat ze geschikt moeten zijn voor gebruik op de JSF. De regering spreekt momenteel over aanschaf van zogenaamde 'stand-off' wapens, zoals JASSM raketten. Zulke wapens zijn bedoeld voor aanvaloorlogen tegen een sterke militaire vijand. Niet voor defensieve missies of vredesmissies.